১৯৩৯ সালে ইরানের মাশহাদে জন্ম নেওয়া আয়াতুল্লাহ আলী খামেনির শৈশব কেটেছে চরম দারিদ্র্য ও শিক্ষকের নির্যাতনের মধ্য দিয়ে। আট ভাই-বোনের মধ্যে দ্বিতীয় খামেনি মাত্র চার বছর বয়সে মক্তবে যাত্রা শুরু করেন। নিজের স্মৃতিকথায় তিনি উল্লেখ করেছেন, ওই মক্তবের শিক্ষক প্রতি শনিবার শিক্ষার্থীদের সারিবদ্ধভাবে দাঁড় করিয়ে মাথা থেকে পা পর্যন্ত পেটাতেন, যার কারণে তিনি ওই শিক্ষককে ভীষণ ভয় পেতেন।

স্থানীয় একজন শিয়া পণ্ডিত সৈয়দ জওয়াদ খামেনি ও তার ধার্মিক স্ত্রী খাদিজে মির্দামাদীর সংসারে তার শৈশব অভাবের সঙ্গে লড়াই করেই কেটেছে। খামেনির ভাষ্যমতে, ছোটবেলায় তাকে ও তার পরিবারের সদস্যদের প্রায়ই ক্ষুধার্ত অবস্থায় ঘুমাতে হয়েছে। এছাড়া মলিন ও পুরনো পোশাকের জন্য মাদ্রাসার সহপাঠীদের কটাক্ষ ও বিদ্রূপ সহ্য করতে হয়েছে তাকে, যা প্রায়শই সহপাঠীদের সাথে ঝগড়া-বিবাদে জড়িয়ে পড়ত।

এই চরম অভাবের মধ্যেও সাহিত্যের প্রতি অনন্য আগ্রহ ছিল তার। মায়ের কাছ থেকেই তিনি কুরআন ও সাহিত্যের প্রাথমিক শিক্ষা লাভ করেন। কোমে ধর্মীয় শিক্ষালয়ে যাওয়ার আগেই তিনি লিও টলস্টয়, ভিক্টর হুগো ও রোমা রোলার মতো লেখকদের এক হাজারেরও বেশি উপন্যাস পড়ে ফেলেন। যৌবনে ‘আমিন’ ছদ্মনামে কবিতা লেখাও শুরু করেন তিনি। ১৯৫৫ সালে কোমে অধ্যয়নকালে এক সভায় ইসলামী বিপ্লবের প্রতীক আয়াতুল্লাহ রুহুল্লাহ খোমেনির সাথে তার পরিচয় হয়, যা তার ভবিষ্যৎ জীবনের গতিপথ পরিবর্তন করে দেয়।