ইরানের বর্তমান সর্বোচ্চ নেতা আয়াতুল্লাহ আলী খামেনির জন্ম ১৯৩৯ সালে উত্তর-পূর্ব ইরানের মাশহাদ শহরে। জাতিগতভাবে আজারবাইজানি এই পরিবারের পূর্বপুরুষরা ইরাক থেকে এসে প্রথমে তাবরিজে এবং পরে মাশহাদে স্থায়ীভাবে বসতি স্থাপন করেন। খামেনির বাবা সৈয়দ জওয়াদ খামেনি ছিলেন একজন সুপরিচিত শিয়া পণ্ডিত ও মসজিদের ইমাম। আট ভাই-বোনের মধ্যে দ্বিতীয় খামেনির শৈশবের প্রাথমিক শিক্ষা শুরু হয় মায়ের কাছে, যিনি তাকে কুরআন ও সাহিত্যের প্রতি আকৃষ্ট করেন।

চার বছর বয়সে বড় ভাইয়ের সাথে মক্তবে যাওয়া শুরু করলেও শিক্ষকের প্রতি তার ভয় ছিল চরম। নিজের স্মৃতিকথায় তিনি উল্লেখ করেছেন, ওই শিক্ষক প্রতি শনিবার শিক্ষার্থীদের সারিবদ্ধভাবে দাঁড় করিয়ে মাথা থেকে পা পর্যন্ত পেটাতেন, যা তাকে আতঙ্কিত করত। পরবর্তীতে স্থানীয় একটি স্কুলে ভর্তি হলেও বাবার পাশ্চাত্য শিক্ষা বিরোধী মনোভাবের কারণে তার পড়াশোনা নিয়ে বাধার সৃষ্টি হয়। এছাড়াও অভাবের সংসারে বেড়ে ওঠা খামেনিকে প্রায়ই ক্ষুধার্ত অবস্থায় ঘুমাতে হয়েছে এবং মলিন পোশাকের জন্য সহপাঠীদের কটাক্ষ ও বিদ্রূপ মুখে পুড়তে হয়েছে।

দারিদ্র্য ও শাস্তির মাঝেও সাহিত্যের প্রতি তার গভীর আগ্রহ ছিল। কোমে উচ্চতর ধর্মীয় শিক্ষার জন্য যাওয়ার আগেই তিনি লিও টলস্টয়, ভিক্টর হুগো এবং রোমা রোলার মতো লেখকদের এক হাজারেরও বেশি উপন্যাস পড়ে ফেলেন। যৌবনে তিনি আমিন ছদ্মনামে কবিতা লেখাও শুরু করেন। ১৯৫৫ সালে কোমের এক সভায় আয়াতুল্লাহ রুহুল্লাহ খোমেনির সাথে তার পরিচয় হয়, যা পরবর্তীতে ইরানের ইসলামী প্রজাতন্ত্র প্রতিষ্ঠায় গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে।