ইরানের বর্তমান সর্বোচ্চ নেতা আয়াতুল্লাহ আলী খামেনির জন্ম ১৯৩৯ সালে উত্তর-পূর্ব ইরানের মাশহাদ শহরে। জাতিগতভাবে আজারবাইজানি এই পরিবারের পূর্বপুরুষরা ইরাক থেকে এসে প্রথমে তাবরিজে এবং পরে মাশহাদে স্থায়ীভাবে বসতি স্থাপন করেন। খামেনির বাবা সৈয়দ জওয়াদ খামেনি ছিলেন স্থানীয়ভাবে সুপরিচিত একজন শিয়া পণ্ডিত ও মসজিদের ইমাম। আট ভাই-বোনের মধ্যে দ্বিতীয় খামেনির শৈশব কেটেছে মা খাদিজে মির্দামাদীর সান্নিধ্যে, যিনি তার মনে কুরআন ও সাহিত্যের প্রতি ভালোবাসা জাগিয়ে তোলেন।

মাত্র চার বছর বয়সে বড় ভাইয়ের সঙ্গে তিনি স্থানীয় মক্তবে যাওয়া শুরু করেন। নিজের স্মৃতিকথায় তিনি জানিয়েছেন, মক্তবের ওই শিক্ষককে তিনি খুব ভয় পেতেন। কারণ প্রতি শনিবার শিক্ষক শিক্ষার্থীদের সারিবদ্ধভাবে দাঁড় করিয়ে মাথা থেকে পা পর্যন্ত পেটাতেন। যদিও তার বাবা পাশ্চাত্য শিক্ষা ব্যবস্থার বিরোধী ছিলেন, তবুও তাকে মক্তবের পর স্থানীয় একটি বিদ্যালয়ে ভর্তি করা হয়।

আর্থিক অসচ্ছলতার কারণে খামেনির শৈশব কেটেছে চরম দারিদ্র্যের মধ্য দিয়ে। তাকে প্রায়ই ক্ষুধার্ত অবস্থায় ঘুমাতে হতো। এছাড়া মলিন ও পুরনো পোশাক পরনে নিয়ে মাদ্রাসায় গেলে সহপাঠীরা তাকে কটাক্ষ করত, যা প্রায়ই ঝগড়া-বিবাদে গড়াত। তবে এই দারিদ্র্যের মাঝেও মায়ের অনুপ্রেরণায় সাহিত্যের প্রতি তার গভীর আগ্রহ তৈরি হয়। কোমে উচ্চতর ধর্মীয় শিক্ষার জন্য যাওয়ার আগেই তিনি লিও টলস্টয়, ভিক্টর হুগো এবং রোমা রোলার মতো লেখকদের এক হাজারেরও বেশি উপন্যাস পড়ে ফেলেন। যৌবনে তিনি আমিন ছদ্মনামে কবিতাও লেখা শুরু করেছিলেন।

ছাত্রজীবনে ১৯৫৫ সালে কোমে এক সভায় যোগ দিতে গিয়ে আয়াতুল্লাহ রুহুল্লাহ খোমেনির সঙ্গে তার পরিচয় হয়। যার নেতৃত্বে পরবর্তীতে ইরানে ইসলামী প্রজাতন্ত্র প্রতিষ্ঠিত হয় এবং খামেনি দেশটির রাজনীতিতে মূখ্য ভূমিকা পালন করেন।