ইরানের সর্বোচ্চ নেতা আয়াতুল্লাহ আলী খামেনির জন্ম ১৯৩৯ সালে উত্তর-পূর্ব ইরানের মাশহাদে। আজারবাইজানি বংশোদ্ভূত এই পরিবারের আট সন্তানের মধ্যে তিনি ছিলেন দ্বিতীয়। তার বাবা সৈয়দ জওয়াদ খামেনি ছিলেন একজন প্রখ্যাত শিয়া পণ্ডিত এবং মা খাদিজে মির্দামাদীর হাত ধরেই শৈশবে কুরআন ও সাহিত্যের প্রাথমিক শিক্ষা লাভ করেন তিনি। মায়ের তেলাওয়াত এবং সাহিত্যচর্চা তার চরিত্র গঠনে বিশেষ ভূমিকা রেখেছিল।

আলী খামেনির শৈশব কেটেছে চরম আর্থিক সংকটের মধ্য দিয়ে। স্মৃতিকথায় তিনি উল্লেখ করেছেন, দারিদ্র্যের কারণে অনেক রাত ক্ষুধার্ত অবস্থায় ঘুমাতে হয়েছে তাকে। এছাড়া ময়লা ও পুরনো পোশাক পরে মাদ্রাসায় গেলে সহপাঠীদের কটাক্ষ ও উপহাসের শিকার হতে হতো, যা প্রায়ই ঝগড়া-বিবাদের জন্ম দিত। অন্যদিকে মাত্র চার বছর বয়সে মক্তবে যাওয়া শুরু করলেও সেখানকার শিক্ষকের কঠোর শাস্তির কারণে তিনি আতঙ্কিত ছিলেন। ওই শিক্ষক প্রতি শনিবার শিক্ষার্থীদের সারিবদ্ধভাবে দাঁড় করিয়ে মাথা থেকে পা পর্যন্ত পেটাতেন।

দারিদ্র্য ও শিক্ষকের ভয় থাকলেও সাহিত্যের প্রতি তার অনুরাগ ছিল অসীম। কোমে ধর্মীয় শিক্ষা গ্রহণের আগেই তিনি লিও টলস্টয়, ভিক্টর হুগো ও রোমা রোলার মতো লেখকদের এক হাজারেরও বেশি উপন্যাস পাঠ করেন। কৈশোরে তিনি আমিন ছদ্মনামে কবিতাও লিখেছেন। ১৯৫৫ সালে ছাত্রাবস্থায় কোমে এক সভায় যোগ দিয়ে ইসলামী বিপ্লবের প্রতীক আয়াতুল্লাহ রুহুল্লাহ খোমেনির সাথে পরিচিত হন তিনি।