ইরানের বর্তমান সর্বোচ্চ নেতা আয়াতুল্লাহ আলী খামেনির জন্ম হয়েছিল ১৯৩৯ সালের ১৯শে এপ্রিল উত্তর-পূর্বাঞ্চলীয় শহর মাশহাদে। আট ভাই-বোনের মধ্যে দ্বিতীয় খামেনির শৈশব কেটেছে চরম দারিদ্র্যের মধ্য দিয়ে। তার বাবা সৈয়দ জওয়াদ খামেনি ছিলেন একজন সুপরিচিত শিয়া পণ্ডিত এবং মা খাদিজে মির্দামাদী ছিলেন অত্যন্ত ধার্মিক। নিজের স্মৃতিকথায় খামেনি উল্লেখ করেছেন, ছোটবেলায় অভাবের তাড়নায় তাকে ও তার পরিবারের সদস্যদের প্রায়ই খালি পেটে ঘুমাতে হয়েছে।

শৈশবে মলিন ও পুরনো পোশাক পরা নিয়ে মাদ্রাসার সহপাঠীরা তাকে প্রায়ই কটাক্ষ করত, যা প্রায়শই ঝগড়া-বিবাদের জন্ম দিত। এছাড়া চার বছর বয়সে মক্তবে ভর্তি হওয়ার পর প্রতি শনিবার শিক্ষকদের শারীরিক শাস্তির কবলে পড়তে হতো তাকে। অন্যদিকে, ছোট বয়স থেকেই তার চোখের দৃষ্টিশক্তি দুর্বল ছিল। চশমা না থাকায় ব্ল্যাকবোর্ড দেখতে না পাওয়ায় সবাই তাকে ভীষণ বোকা ও অলস ছাত্র মনে করত। পরবর্তীতে চিকিৎসকের পরামর্শে চশমা ব্যবহার শুরু করলে তিনি লেখাপড়ায় ঝড়ের গতিতে এগিয়ে যান এবং শ্রেণীর অন্যতম মেধাবী হিসেবে নিজের অবস্থান তৈরি করেন।

সাহিত্যের প্রতি তার অনুরাগ ছিল চোখে পড়ার মতো। কোমে উচ্চতর ধর্মীয় শিক্ষার জন্য যাওয়ার আগেই তিনি এক হাজারেরও বেশি উপন্যাস পড়ে ফেলেছিলেন। লিও টলস্টয়, ভিক্টর হুগো এবং রোমা রোলার মতো বিখ্যাত সাহিত্যিকদের বই পড়ে তিনি নিজেও ‘আমিন’ ছদ্মনামে কবিতা লেখা শুরু করেন। ১৯৫৫ সালে কোমে পড়ার সময় এক সভায় আয়াতুল্লাহ রুহুল্লাহ খোমেনির সঙ্গে তার পরিচয় হয়। এরপর তিনি তৎকালীন শাহ মোহাম্মদ রেজা পাহলভির বিরুদ্ধে আন্দোলনে যোগ দিয়ে খোমেনির একনিষ্ঠ অনুসারী হিসেবে আত্মপ্রকাশ করেন।