ইরানের বর্তমান সর্বোচ্চ নেতা আয়াতুল্লাহ আলী খামেনির জন্ম ১৯৩৯ সালের ১৯ এপ্রিল মাশহাদের এক অসচ্ছল ধর্মীয় পরিবারে। আট ভাই-বোনের মধ্যে তিনি ছিলেন দ্বিতীয়। তার বাবা সৈয়দ জওয়াদ খামেনি ছিলেন একজন প্রতিষ্ঠিত শিয়া পণ্ডিত এবং মা খাদিজে মির্দামাদীর কাছ থেকেই তিনি পবিত্র কোরআন ও ইসলামের প্রাথমিক শিক্ষা লাভ করেন।

শৈশবে তার জীবন কেটেছে চরম দারিদ্র্যের মধ্য দিয়ে। অনেক সময় ক্ষুধার্ত হয়েই ঘুমাতে হয়েছে তাকে। পুরনো ও মলিন পোশাকের জন্য মাদ্রাসার সহপাঠীদের কটাক্ষ ও বিদ্রূপ সহ্য করতে হয়েছে তাকে। এছাড়া ছোটবেলা থেকেই তার চোখের দৃষ্টিশক্তি ছিল দুর্বল। চশমা না থাকায় ব্ল্যাকবোর্ড দেখতে না পেয়ে শিক্ষক ও সহপাঠীরা তাকে 'অলস ও বোকা' ভাবতেন। পরবর্তীতে চিকিৎসকের পরামর্শে চশমা ব্যবহার শুরু করলে তিনি পড়াশোনায় ধীরে ধীরে সফলতা অর্জন করেন।

সাহিত্যের প্রতি তার অনন্য আগ্রহ ছিল। ধর্মীয় অধ্যয়নের শহর কোমে পাড়ি জমানোর আগেই তিনি প্রায় এক হাজার উপন্যাস পড়ে ফেলেছিলেন। লিও টলস্টয় এবং ভিক্টর হুগোর মতো সাহিত্যিকদের বই পড়তেন তিনি। এমনকি 'আমিন' ছদ্মনামে কবিতাও লিখতেন তিনি। ১৯৫৫ সালে কোমে আয়াতুল্লাহ রুহুল্লাহ খোমেনির সঙ্গে তার পরিচয় হয়। এরপর তিনি শাহ বিরোধী আন্দোলনে জড়িয়ে পড়েন এবং খোমেনির একনিষ্ঠ অনুসারী হিসেবে রাজনীতিতে আত্মপ্রকাশ করেন।